Factcheck Lab由「文化及媒體教育基金有限公司」（CMEF）成立，在2022年4月把項目正式轉移至「媒體素養研究中心有限公司」（MLRC）營運，讓 Factcheck Lab 獨立運作。

MLRC 是一家於2021年7月成立的有限公司，董事一直參與 Factcheck Lab 項目，包括執行編輯鄭家榆。主要業務為營運 Factcheck Lab，並承接媒體素養教育、出版和研究等工作。

MLRC 的所獲資金來源如下︰

• Meta Platforms, Inc.‌‌
  Factcheck Lab 於2022年4月底成為「Meta第三方事實查證機制」的合作夥伴，為 Meta 旗下的社交媒體平台 Facebook 及 Instagram 提供事實查核服務，並收取服務費用。Meta 不會參與或干涉 Factcheck Lab 的事實查核工作，所有查核報告的選題、撰寫內容及評級均由 Factcheck Lab 編輯自行決定。
• Patreon訂閱‌‌
  Factcheck Lab 於2022年6月推出訂閱計劃，讀者可透過 Patreon 訂閱支持，至今有超過100位讀者訂閱。
• 演講費用
  推廣媒體素養教育為 Factcheck Lab 其中一項工作，編輯會參與不同活動，包括演講、講座、對談以及到不同大學擔任客席講師等，講授關於失實資訊、事實查核等知識，部分收取服務費用。

另外MLRC亦獲得不同機構單次資助，包括︰

• 文化及媒體教育基金有限公司（CMEF）
  CMEF 負責 Factcheck Lab 於2022年4月前的營運費用，以及支持 Factcheck Lab「查核手記」自2022年7月起一年的編寫工作。「查核手記」的內容由 Factcheck Lab 編輯自行決定及撰寫。
• 地球新聞網絡（Earth Journalism Network）
  地球新聞網絡於2023年撥款支援亞太地區6個國家共8家機構的媒體計劃，促進對人類、動物與環境健康的關注。Factcheck Lab 獲選為受資助機構之一，與科普媒體《科學狗》合作舉辦一連串為學生及年輕記者而設的培訓工作坊，推動更多針對氣候變化與公共衛生相關議題的本地報導，並設立報導資助金予部份學員。計劃獲地球新聞網絡（Earth Journalism Network）的亞太媒體計劃支持，由瑞典國際發展合作署（Sida）贊助。
• 國際事實查核網絡（International Fact Checking Network）
  Factcheck Lab 於2022年獲選為「眾籌配對計劃」（Crowdfunding Matching Program）受助機構之一，協助 Factcheck Lab 推動 Patreon 訂閱計劃，開拓收入來源。
  Factcheck Lab 亦於2023年獲得IFCN管理的「全球事實查核基金」（Global Fact Check Fund ）資助推廣媒體素養及事實查核教育。